En 1712 trasladan los poderes civiles a Huajuapan. En el movimiento de Independencia Huajuapan fue escenario de hechos sobresalientes, como el sitio de Huajuapanel cual duro aproximadamente 111 días. Este sitio fue sostenido heroicamente por un grupo de lugareños, al mando del coronel Valerio Trujano y que fue roto el 23 de junio de 1912 con la ayuda del Gral. José Maria Morelos. A partir de esta fecha la comunidad de Huajuapan empieza a cobrar importancia.  El 10 de Junio de 1843 se eleva a la categoría de Villa de Huajuapan de León. El 7 de Octubre de 1884 esta Villa se eleva a la categoría de Ciudad, siendo Gobernador interino del Estado Mariano Jiménez.

Su historia como Distrito comienza en 1825, cuando el Gobernador del Estado José Ignacio Morales promulgó la primer Constitución del Estado de Oaxaca en la que se instituyen los tres poderes y se divide el territorio en Ayuntamientos. Inicialmente fueron 18 partidos en que se dividió el territorio, siendo Huajuapan-Silacayoapan uno de ellos.

En 1844, siendo Gobernador del Estado Luis Fernández del Campo, se expidió el decreto numero 18, en el cual el departamento de Oaxaca se dividió en 18 Distritos, 21 Subprefecturas y 8 fracciones.  El 5 Distrito fue la Villa de Huajuapan. 

El 23 de Marzo de 1858 se hizo una división política del Estado en 25 Distritos, siendo Huajuapan la cabecera de uno de ellos. Los primeros españoles que pisaron esos suelos fueron las tropas de Francisco Orozco, después llegaron los venerables Fray Bernardino Minaya y Fray Gonzáles Lucero, enseguida los Agustinos, quienes iban predicando el evangelio.